Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

org.strbio, org.strbio.app, org.strbio.io, org.strbio.local, org.strbio.math, org.strbio.mol, org.strbio.mol.lib, org.strbio.mol.lib.pred2ary, org.strbio.net, org.strbio.raf, org.strbio.sql, org.strbio.util, org.strbio.util.db, org.strbio.util.graph, org.strbio.util.ui

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.util.AbstractCollection<E> (implements java.util.Collection<E>)
    • java.util.AbstractList<E> (implements java.util.List<E>)
      • java.util.Vector<E> (implements java.lang.Cloneable, java.util.List<E>, java.util.RandomAccess, java.io.Serializable)
        • org.strbio.util.db.Data
        • org.strbio.math.DVectorSet
        • org.strbio.mol.PolymerSet
          • org.strbio.mol.ProteinSet
            • org.strbio.mol.ProfileSet
              • org.strbio.mol.lib.pred2ary.PCPSet
                • org.strbio.mol.lib.pred2ary.TPSet
                  • org.strbio.mol.lib.pred2ary.PredictionSet
                  • org.strbio.mol.lib.pred2ary.TrainingSet
              • org.strbio.mol.ProfilePSISet
                • org.strbio.mol.lib.FoldLibrary (implements org.strbio.io.Description)
                  • org.strbio.mol.lib.TOMFoldLibrary
                  • org.strbio.mol.lib.UserFoldLibrary
  • org.strbio.net.Alces
  • org.strbio.app.Align
  • org.strbio.mol.Alignment
  • org.strbio.mol.lib.AlignmentParameters (implements org.strbio.io.Description)
    • org.strbio.mol.lib.AlignmentParametersEA
      • org.strbio.mol.lib.OptimalAAParameters
      • org.strbio.mol.lib.OptimalAAParametersFR
  • org.strbio.mol.AlignmentSet
  • org.strbio.mol.AlignmentStats
  • org.strbio.mol.Atom
    • org.strbio.mol.AtomNode (implements org.strbio.util.DLinkedList.Node)
  • org.strbio.mol.lib.BackbonePotential
  • org.strbio.util.graph.BarPlot (implements org.strbio.util.graph.Graphable2D)
  • org.strbio.mol.lib.BlastAdapter (implements org.strbio.mol.lib.Blast)
    • org.strbio.net.BlastWeb
      • org.strbio.net.BlastNCBI
        • org.strbio.net.BlastNCBI2
      • org.strbio.net.PSIBlastWeb (implements org.strbio.mol.lib.PSIBlast)
        • org.strbio.net.PSIBlastNCBI
  • org.strbio.mol.lib.BlastConstants
  • org.strbio.app.BlastProtein
  • org.strbio.net.CATH
  • org.strbio.util.graph.CirclePoint (implements org.strbio.util.graph.PointType)
  • org.strbio.util.graph.ClickablePointPlot (implements org.strbio.util.graph.Graph2D.ClickListener, org.strbio.util.graph.Graphable2D)
  • org.strbio.util.ColorScale.BlackScale (implements org.strbio.util.ColorScale)
  • org.strbio.util.ColorScale.BlendScale (implements org.strbio.util.ColorScale)
  • org.strbio.util.ColorScale.BlueScale (implements org.strbio.util.ColorScale)
  • org.strbio.util.ColorScale.GreenScale (implements org.strbio.util.ColorScale)
  • org.strbio.util.ColorScale.RainbowScale (implements org.strbio.util.ColorScale)
  • org.strbio.util.ColorScale.RainbowScale2 (implements org.strbio.util.ColorScale)
  • org.strbio.util.ColorScale.RedScale (implements org.strbio.util.ColorScale)
  • org.strbio.util.ColorScale.WhiteScale (implements org.strbio.util.ColorScale)
  • org.strbio.util.graph.ColorScaleLegend (implements org.strbio.util.graph.Legend)
  • org.strbio.app.CompareFolds
  • org.strbio.app.CompileJuryScript
  • java.awt.Component (implements java.awt.image.ImageObserver, java.awt.MenuContainer, java.io.Serializable)
    • java.awt.Canvas (implements javax.accessibility.Accessible)
      • org.strbio.app.NSPred2ary.AboutMessage
      • org.strbio.mol.lib.pred2ary.Pred2aryAppletFrame.AboutMessage
      • org.strbio.mol.lib.pred2ary.Pred2aryAppletFrame.ProteinPane
    • java.awt.Container
      • javax.swing.JComponent (implements java.io.Serializable)
        • javax.swing.AbstractButton (implements java.awt.ItemSelectable, javax.swing.SwingConstants)
          • javax.swing.JButton (implements javax.accessibility.Accessible)
            • org.strbio.util.ActionJButton (implements java.beans.PropertyChangeListener)
        • org.strbio.util.BarLegend
        • org.strbio.util.DensityPlot
        • org.strbio.util.graph.Graph2D
        • javax.swing.JLabel (implements javax.accessibility.Accessible, javax.swing.SwingConstants)
          • org.strbio.io.OldPrintfJLabel (implements org.strbio.io.Printf)
          • org.strbio.io.PrintfJLabel (implements org.strbio.io.Printf)
        • javax.swing.JPanel (implements javax.accessibility.Accessible)
          • org.strbio.util.ui.ProfileGUIApp.LoadFormats
        • javax.swing.text.JTextComponent (implements javax.accessibility.Accessible, javax.swing.Scrollable)
          • javax.swing.JTextArea
            • org.strbio.io.OldPrintfJTextArea (implements org.strbio.io.Printf)
            • org.strbio.io.PrintfJTextArea (implements org.strbio.io.Printf)
      • java.awt.Panel (implements javax.accessibility.Accessible)
        • java.applet.Applet
          • org.strbio.mol.lib.pred2ary.Pred2aryApplet
        • org.strbio.util.JMCScrollPane
      • java.awt.Window (implements javax.accessibility.Accessible)
        • java.awt.Frame (implements java.awt.MenuContainer)
          • javax.swing.JFrame (implements javax.accessibility.Accessible, javax.swing.RootPaneContainer, javax.swing.WindowConstants)
            • org.strbio.util.ui.AboutDialog
            • org.strbio.util.ui.GUIApp
              • org.strbio.util.ui.ProfileGUIApp
                • org.strbio.app.JThread
            • org.strbio.util.ui.HelpFrame
            • org.strbio.app.Pred2ary
            • org.strbio.util.ui.ProfileGUIApp.LoadProgressDialog (implements org.strbio.io.Printf)
          • org.strbio.app.NSPred2ary
          • org.strbio.mol.lib.pred2ary.Pred2aryAppletFrame
          • org.strbio.mol.lib.pred2ary.Pred2aryAppletFrame.AboutDialog
          • org.strbio.mol.lib.pred2ary.Pred2aryAppletFrame.LoadWindow
          • org.strbio.mol.lib.pred2ary.Pred2aryAppletFrame.ProgressDialog (implements org.strbio.mol.lib.pred2ary.AppletJury.LoadProgressIndicator)
          • org.strbio.mol.lib.pred2ary.Pred2aryAppletFrame.SaveWindow
    • java.awt.TextComponent (implements javax.accessibility.Accessible)
      • java.awt.TextArea
        • org.strbio.io.OldBufferedPrintfTextArea (implements org.strbio.io.Printf)
        • org.strbio.io.OldPrintfTextArea (implements org.strbio.io.Printf)
        • org.strbio.io.PrintfTextArea (implements org.strbio.io.Printf)
  • org.strbio.app.ConvertProtein
  • org.strbio.util.db.Data.InfoEnumeration (implements java.util.Enumeration<E>)
  • org.strbio.mol.lib.DayhoffMatrices
  • org.strbio.util.DLinkedList
  • org.strbio.math.DMatrix
  • org.strbio.util.graph.DotPoint (implements org.strbio.util.graph.PointType)
  • org.strbio.math.DVector
    • org.strbio.math.DHalfMatrix
  • org.strbio.net.Ecocyc
  • org.strbio.net.Entrez
  • javax.swing.filechooser.FileFilter
    • org.strbio.mol.lib.ProteinFilter
  • org.strbio.app.FindProteins
  • org.strbio.math.FMatrix
  • org.strbio.mol.lib.FRParameters (implements org.strbio.io.Description)
    • org.strbio.mol.lib.OptimalFRParameters
  • org.strbio.mol.lib.FRParametersNode (implements org.strbio.io.Description)
  • org.strbio.net.FruitFly
  • org.strbio.math.FVector
    • org.strbio.math.FHalfMatrix
  • org.strbio.mol.lib.GapModelAdapter (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.GapModel)
    • org.strbio.mol.lib.GapConstant (implements org.strbio.io.Description)
      • org.strbio.mol.lib.GapAffine (implements org.strbio.io.Description)
        • org.strbio.mol.lib.GapDistanceDependent (implements org.strbio.io.Description)
    • org.strbio.raf.GapRAF (implements org.strbio.io.Description)
  • org.strbio.app.GetChainSeqs
  • org.strbio.raf.GetSEQRES
  • org.strbio.util.Hooke
  • org.strbio.util.HTML
  • org.strbio.math.IMatrix
    • org.strbio.math.StatsMatrix
      • org.strbio.math.CorrectMatrix
      • org.strbio.math.SimMatrix
  • org.strbio.util.db.Info
    • org.strbio.util.db.ProteinInfo
      • org.strbio.util.db.ProteinStructureInfo
        • org.strbio.util.db.CATHInfo
        • org.strbio.util.db.PDBInfo
        • org.strbio.util.db.SCOPInfo
  • org.strbio.IO
  • org.strbio.math.IVector
    • org.strbio.math.Bin
      • org.strbio.math.Bin2D
      • org.strbio.math.Sampler
    • org.strbio.math.FBin
  • org.strbio.util.JMC
  • org.strbio.app.JMC2ary
  • org.strbio.mol.lib.JMCThreadMethod (implements org.strbio.mol.lib.ThreadMethod)
  • org.strbio.mol.lib.JMCThreadMethod2 (implements org.strbio.mol.lib.ThreadMethod)
  • org.strbio.app.JThreadServer
  • org.strbio.app.JThreadText
  • org.strbio.mol.lib.pred2ary.Jury
    • org.strbio.mol.lib.pred2ary.StandardJury
      • org.strbio.mol.lib.pred2ary.AppletJury
        • org.strbio.mol.lib.pred2ary.MediumAppletJury
        • org.strbio.mol.lib.pred2ary.SmallAppletJury
      • org.strbio.mol.lib.pred2ary.LargeJury
      • org.strbio.mol.lib.pred2ary.MediumJury
      • org.strbio.mol.lib.pred2ary.SmallJury
  • org.strbio.app.MakeModeller
  • org.strbio.raf.MakeRAF
  • org.strbio.local.MaxSub.Results
  • org.strbio.app.MinareaAlign
  • org.strbio.mol.lib.MinareaResults
  • org.strbio.app.Model
  • org.strbio.app.Modify2ary
  • org.strbio.mol.Molecule
    • org.strbio.mol.Polymer
      • org.strbio.mol.Protein
        • org.strbio.mol.Profile
          • org.strbio.mol.ProfilePSI
            • org.strbio.mol.lib.pred2ary.PredClassProfile
        • org.strbio.raf.RAFProtein
  • org.strbio.mol.Monomer (implements org.strbio.util.DLinkedList.Node)
    • org.strbio.mol.Nucleotide
    • org.strbio.mol.Residue
      • org.strbio.mol.ProfRes
        • org.strbio.mol.ProfResPSI
          • org.strbio.mol.lib.pred2ary.PCPRes
  • org.strbio.util.NeuralNet
  • java.io.OutputStream (implements java.io.Closeable, java.io.Flushable)
    • java.io.FilterOutputStream
      • java.io.BufferedOutputStream
        • org.strbio.io.PrintfStream (implements org.strbio.io.Printf)
  • org.strbio.local.PDB
  • org.strbio.util.graph.PointLegend (implements org.strbio.util.graph.Legend)
  • org.strbio.util.graph.PointPlot (implements org.strbio.util.graph.Graphable2D)
    • org.strbio.util.graph.PointColorPlot (implements org.strbio.util.graph.Graphable3D)
  • org.strbio.mol.PolymerProperties
  • org.strbio.mol.PolymerSet.PolymerEnumeration (implements java.util.Enumeration<E>)
  • org.strbio.mol.lib.Pred2ary (implements org.strbio.mol.lib.SSPredictor)
  • org.strbio.app.Pred2aryText
  • org.strbio.mol.Primer
  • org.strbio.mol.PrimerSet
  • org.strbio.io.PrintfTee (implements org.strbio.io.Printf)
  • org.strbio.mol.lib.pred2ary.ProfileDisplayArea
  • org.strbio.mol.lib.pred2ary.ProfileDisplayArea.ClickedArea
  • org.strbio.local.Program
    • org.strbio.local.Access
    • org.strbio.local.BlastPAdapter (implements org.strbio.mol.lib.Blast)
      • org.strbio.local.BlastP
        • org.strbio.local.BlastClient
        • org.strbio.local.PSIBlastP (implements org.strbio.mol.lib.PSIBlast)
          • org.strbio.local.PSIBlastP2 (implements org.strbio.mol.lib.PSIBlast)
        • org.strbio.local.TBlastN
    • org.strbio.local.ClustalW
    • org.strbio.local.DSSP
    • org.strbio.local.Ls
    • org.strbio.local.MaxSub
    • org.strbio.local.Melting
    • org.strbio.local.Mfold
    • org.strbio.local.Minarea
      • org.strbio.local.Malfe
    • org.strbio.local.Modeller
    • org.strbio.local.Muscle
    • org.strbio.local.Primer3
    • org.strbio.local.VarTom
  • org.strbio.util.ui.ProteinTools
  • org.strbio.net.ProtParam
  • org.strbio.mol.lib.PSIBlastMatrices
  • org.strbio.net.PubMed
  • org.strbio.raf.RAFResidue
  • java.io.Reader (implements java.io.Closeable, java.lang.Readable)
    • java.io.StringReader
      • org.strbio.io.EOFStringReader
  • org.strbio.net.SCOP
  • org.strbio.mol.lib.Score2ary (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreAlphaTau (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreAveragePSIBlast (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup2)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreAverageReversePSIBlast (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreBlosum62 (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreDefay (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
    • org.strbio.mol.lib.ScoreScaledDefay (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreFischer (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreID (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreJDB10 (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreList (implements org.strbio.io.Description)
  • org.strbio.mol.lib.ScorePairwiseDistance (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScorePhiPsi (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup)
  • org.strbio.mol.lib.ScorePred2ary (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScorePredFreq (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScorePSIBlast (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreReversePSIBlast (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreScaledID (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreSippl90 (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup2)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreUFSippl90 (implements org.strbio.mol.lib.AlignmentDependent, org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup2)
  • org.strbio.mol.lib.Sippl90
  • org.strbio.app.SplitProteins
  • org.strbio.sql.SQLUtil
  • org.strbio.util.StringUtil
  • org.strbio.net.TargetDB
  • org.strbio.mol.lib.ThreadResults
  • org.strbio.mol.ThreadSet
  • org.strbio.net.ThreeDPSSM
  • org.strbio.mol.lib.pred2ary.TPSet.NetVars
  • org.strbio.mol.lib.pred2ary.TrainingSet.Present2ary (implements org.strbio.util.NeuralNet.Trainable)
  • org.strbio.mol.lib.pred2ary.TrainingSet.PresentClass1 (implements org.strbio.util.NeuralNet.Trainable)
  • org.strbio.mol.lib.pred2ary.TrainingSet.PresentClass4 (implements org.strbio.util.NeuralNet.Trainable)
  • org.strbio.mol.lib.pred2ary.TrainingSet.PresentLvl2 (implements org.strbio.util.NeuralNet.Trainable)
  • org.strbio.util.graph.UnfilledCirclePoint (implements org.strbio.util.graph.PointType)
  • java.io.Writer (implements java.lang.Appendable, java.io.Closeable, java.io.Flushable)
    • java.io.BufferedWriter
      • org.strbio.io.PrintfWriter (implements org.strbio.io.Printf)
  • org.strbio.util.graph.XAxisScale (implements org.strbio.util.graph.AxisScale)
  • org.strbio.util.graph.YAxisScale (implements org.strbio.util.graph.AxisScale)

Interface Hierarchy

• org.strbio.mol.lib.AlignmentDependent
• org.strbio.util.graph.AxisScale
• org.strbio.mol.lib.Blast
  • org.strbio.mol.lib.PSIBlast
• org.strbio.util.CGOptimizer
• org.strbio.util.CGOptimizer.Optimizable
• org.strbio.util.graph.ClickablePointPlot.ClickListener
• org.strbio.util.ColorScale
• org.strbio.io.Description
• org.strbio.util.DLinkedList.Node
• org.strbio.mol.lib.GapModel
• org.strbio.util.graph.Graph2D.ClickListener
• org.strbio.util.graph.Graphable2D
  • org.strbio.util.graph.Graphable3D
• org.strbio.util.Hooke.Optimizable
• org.strbio.mol.lib.pred2ary.Jury.ProgressIndicator
  • org.strbio.mol.lib.pred2ary.AppletJury.LoadProgressIndicator
• org.strbio.util.graph.Legend
• org.strbio.util.NeuralNet.Trainable
• org.strbio.util.graph.PointType
• org.strbio.io.Printf
• org.strbio.mol.lib.ScoreFunction
• org.strbio.mol.lib.ScoreSetup
• org.strbio.mol.lib.ScoreSetup2
• org.strbio.mol.lib.SSPredictor
• org.strbio.mol.lib.ThreadMethod