Hierarchy For Package org.strbio.mol.lib

Package Hierarchies:

All Packages

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.util.AbstractCollection<E> (implements java.util.Collection<E>)
    • java.util.AbstractList<E> (implements java.util.List<E>)
      • java.util.Vector<E> (implements java.lang.Cloneable, java.util.List<E>, java.util.RandomAccess, java.io.Serializable)
        • org.strbio.mol.PolymerSet
          • org.strbio.mol.ProteinSet
            • org.strbio.mol.ProfileSet
              • org.strbio.mol.ProfilePSISet
                • org.strbio.mol.lib.FoldLibrary (implements org.strbio.io.Description)
                  • org.strbio.mol.lib.TOMFoldLibrary
                  • org.strbio.mol.lib.UserFoldLibrary
  • org.strbio.mol.lib.AlignmentParameters (implements org.strbio.io.Description)
    • org.strbio.mol.lib.AlignmentParametersEA
      • org.strbio.mol.lib.OptimalAAParameters
      • org.strbio.mol.lib.OptimalAAParametersFR
  • org.strbio.mol.lib.BackbonePotential
  • org.strbio.mol.lib.BlastAdapter (implements org.strbio.mol.lib.Blast)
  • org.strbio.mol.lib.BlastConstants
  • org.strbio.mol.lib.DayhoffMatrices
  • javax.swing.filechooser.FileFilter
    • org.strbio.mol.lib.ProteinFilter
  • org.strbio.mol.lib.FRParameters (implements org.strbio.io.Description)
    • org.strbio.mol.lib.OptimalFRParameters
  • org.strbio.mol.lib.FRParametersNode (implements org.strbio.io.Description)
  • org.strbio.mol.lib.GapModelAdapter (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.GapModel)
    • org.strbio.mol.lib.GapConstant (implements org.strbio.io.Description)
      • org.strbio.mol.lib.GapAffine (implements org.strbio.io.Description)
        • org.strbio.mol.lib.GapDistanceDependent (implements org.strbio.io.Description)
  • org.strbio.mol.lib.JMCThreadMethod (implements org.strbio.mol.lib.ThreadMethod)
  • org.strbio.mol.lib.JMCThreadMethod2 (implements org.strbio.mol.lib.ThreadMethod)
  • org.strbio.mol.lib.MinareaResults
  • org.strbio.mol.lib.Pred2ary (implements org.strbio.mol.lib.SSPredictor)
  • org.strbio.mol.lib.PSIBlastMatrices
  • org.strbio.mol.lib.Score2ary (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreAlphaTau (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreAveragePSIBlast (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup2)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreAverageReversePSIBlast (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreBlosum62 (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreDefay (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
    • org.strbio.mol.lib.ScoreScaledDefay (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreFischer (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreID (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreJDB10 (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreList (implements org.strbio.io.Description)
  • org.strbio.mol.lib.ScorePairwiseDistance (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScorePhiPsi (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup)
  • org.strbio.mol.lib.ScorePred2ary (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScorePredFreq (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScorePSIBlast (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreReversePSIBlast (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreScaledID (implements org.strbio.mol.lib.ScoreFunction)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreSippl90 (implements org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup2)
  • org.strbio.mol.lib.ScoreUFSippl90 (implements org.strbio.mol.lib.AlignmentDependent, org.strbio.io.Description, org.strbio.mol.lib.ScoreFunction, org.strbio.mol.lib.ScoreSetup2)
  • org.strbio.mol.lib.Sippl90
  • org.strbio.mol.lib.ThreadResults

Interface Hierarchy

• org.strbio.mol.lib.AlignmentDependent
• org.strbio.mol.lib.Blast
  • org.strbio.mol.lib.PSIBlast
• org.strbio.mol.lib.GapModel
• org.strbio.mol.lib.ScoreFunction
• org.strbio.mol.lib.ScoreSetup
• org.strbio.mol.lib.ScoreSetup2
• org.strbio.mol.lib.SSPredictor
• org.strbio.mol.lib.ThreadMethod